Auch nach der Revision des Embryonenschutzgesetzes 2011 ist das Verfahren der PID nicht unumstritten. Kritiker*innen wird häufig das Argument entgegengehalten, warum der Gesetzgeber auf der einen Seite PND erlauben und auf der anderen Seite PID verbieten sollte (wie es vor der Gesetzesänderung der Fall war), da beide Verfahren das Ziel verfolgen, Fehlbildungen des ungeborenen Kindes festzustellen. Vertreter*innen der Zulässigkeit der PID an pluripotenten Stammzellen argumentieren, dass die PID als eine zeitlich vorweggenommene PND betrachtet werden könne, mit der sich die Zahl der Schwangerschaftsabbrüche reduzieren ließe, welche aufgrund des weiter fortgeschrittenen fetalen Entwicklungsstandes weitaus kritischer zu betrachten seien. 

Kritiker*innen der PID widersprechen dieser Analogie und verweisen auf die verschiedenen Ausgangssituationen. Im Falle eines Schwangerschaftsabbruches komme es innerhalb des natürlichen Entwicklungsprozesses des Fetus zu einem nicht vorhersehbaren Konflikt zwischen dem Lebensschutz des Fetus und den Lebensinteressen des austragenden Elternteils. Im Vergleich dazu entstehe im Falle einer PID erst durch das Handeln des ärztlichen Fachpersonals eine Situation wie die genannte, innerhalb derer zwischen Schutz des Fetus und den Interessen des schwangeren Elternteils abgewogen werden müsse.