Die Übertragung von Organen und Gewebe kann nicht nur mit einer Abstoßungsreaktion des Empfängerorganismus gegen das Transplantat einhergehen – in diesen Fällen spricht man von sogenannten „Host-versus-Graft-Reaktionen“ (Wirt-gegen-Transplantat-Reaktionen). Umgekehrt kann es, vor allem nach Knochenmark- oder Stammzelltransplantationen, auch dazu kommen, dass die mit dem Transplantat übertragenen Immunzellen den Körper der empfangenden Person als fremd erkennen und angreifen. Letzteres wird im ICD-10, dem von der WHO entwickelten Klassifikationssystem für Krankheiten, als „Graft-versus-Host-Reaktion oder -krankheit“ (Transplantat-gegen-Wirt-Reaktion) bezeichnet. Die Graft-versus-Host-Reaktion ist gekennzeichnet durch schwere Infektionen und Veränderungen von Schleimhäuten des Magen-Darm-Traktes, der Haut und der Leber und kann unter Umständen für die organempfangende Person lebensbedrohlich sein. Die Graft-versus-Host-Reaktion kann mit Hilfe immunsuppressiver Medikamente teilweise abgeschwächt werden.