Die Patientenautonomie ist ein Schlüsselbegriff der Medizinethik. Dabei geht es weniger um die Charakterisierung eines generellen Vermögens als vielmehr um eine Garantie für situationsbezogene Handlungsautonomie (Beauchamp/Childress 2009): Die zu behandelnden Personen haben ein Anrecht darauf, medizinischen Behandlungen zuzustimmen oder diese abzulehnen, nachdem sie fachgerecht aufgeklärt wurden. Dem Konzept der Patientenautonomie liegt somit als wesentliches Kriterium die informierte Einwilligung der Personen (informend consent) zugrunde. Eine informierte Einwilligung ist dann gegeben, wenn die Entscheidung der Betroffenen absichtlich, mit Verständnis und frei vom kontrollierenden Einfluss anderer erfolgt. 

Diese prozedurale Autonomiekonzeption, die sich inhaltsneutral über das Verfahren der Entscheidungsfindung definiert, gilt in der Medizinethik mittlerweile als Standardauffassung. Da der medizinethische Begriff stets in Wechselbeziehungen zu allgemeineren philosophischen Konzeptionen von Autonomie steht, werden immer wieder Vorschläge diskutiert, Patientenautonomie anders zu verstehen. So sehen Vertreter*innen substanzieller Autonomiekonzeptionen das Erfordernis, selbstbestimmte Entscheidungen auch über inhaltliche und wertbezogene Kriterien zu definieren. Befürwortende relationaler Autonomiekonzeptionen sehen Beziehungen wechselseitiger Anerkennungsverhältnisse als konstitutiv für autonome Entscheidungen. Da den verschiedenen Autonomiekonzeptionen immer auch ein bestimmtes Ideal eines autonomen Subjektes zugrunde liegt, wird häufig der Einwand der Überforderung durch Autonomie angeführt. Argumentiert wird deshalb, dass die Anforderungen an die Autonomie der zu behandelnden Person für die klinische Praxis möglichst anspruchslos gehalten werden müssen, damit sie für möglichst viele zu behandelnde Personen erfüllt werden können.